2006年，新疆維吾爾自治區(qū)國(guó)有資產(chǎn)監(jiān)督管理委員會(huì)和中國(guó)水務(wù)投資有限公司進(jìn)行戰(zhàn)略合作，對(duì)原新疆昌源水利水電產(chǎn)業(yè)集團(tuán)有限公司實(shí)施重組，成立新疆昌源水務(wù)集團(tuán)有限公司，注冊(cè)資本金5億元，中國(guó)水務(wù)持有60％股份，自治區(qū)國(guó)資委持有40％股份。
        2010年，新疆昌源水務(wù)集團(tuán)有限公司增資擴(kuò)股。注冊(cè)資本金增至為8億元，其中：中國(guó)水務(wù)投資有限公司持有51％股份，新疆維吾爾自治區(qū)國(guó)有資產(chǎn)監(jiān)督管理委員會(huì)持有25％股份，深圳市博納投資合伙企業(yè)(有限合伙)持有14％股份、湖北航天瑞麒投資管理咨詢(xún)有限公司持有10％股份【2016年已將其所持有的10%轉(zhuǎn)讓給了浙商鐵漢（深圳）生態(tài)產(chǎn)業(yè)投資合伙企業(yè)（有限合伙）】。